Diplômé d’HEC Paris en 1986, Emmanuel Fabre débute sa carrière en travaillant dans diverses entreprises : Bain & Company, Barings ou encore Legris Industries où il devient directeur administratif et financier puis directeur général. En 1997 il intègre l’entreprise Danone, entreprise dans laquelle il évolue jusqu’à sa démission en 2021.
Il grimpe les échelons rapidement, commençant en tant que « directeur finances, stratégie et systèmes d’information », puis « directeur financier et membre du comité exécutif » pour enfin être nommé vice-président de la zone Asie-Pacifique en 2005. Il est à la tête de nombreux projets, étant d’une part à l’initiative du projet de coentreprise en social business Grameen Danone Foods au Bangladesh et d’autre part supervisant la création de Danone Communities, la première SICAV structure porteuse de social business en France. Son ascension se poursuit en 2014, année durant laquelle il devient directeur général de Danone. L’échelon final sera franchi en 2017, lorsqu’il devient Président du Conseil d’Administration de Danone. De par ce fait, il devient Président-directeur général de Danone.